Las enfermedades de las plantas han sido conocidas desde la antigüedad, pero generalmente eran atribuidas a fuerzas sobrenaturales. La primera enfermedad vegetal para la que describió un origen patológico fue la caries o carbón del trigo producida por Tilletia caries.
Corresponde a los fitopatólogos el mérito de ser los primeros en identificar un virus, el TMV (Virus del mosaico del tabaco). También es un hito histórico el primer fungicida usado para el control de una enfermedad vegetal, el caldo bordelés, una mezcla de sulfato de cobre y cal.
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